Desde sus inicios el programa FAMAR cuenta con el soporte económico y material de proyectos de investigación del Plan Nacional de I+D+i del actual Ministerio de Economía y Competitividad:
Estos proyectos son:
- Proyecto Sea-Live: Seagrass feedbacks and trade-offs: the cost of living in aquatic ecosystems (CTM2011-24482). 2012-2014. Vigente.
- Proyecto Imachycro (Interacciones entre la hidrodinámica y los macrofítos marinos: desde el organismo al ecosistema; CTM2008-00012/MAR). 2009-2011. Finalizado.
- Proyecto Evamaría (Estudio integrado del efecto de las variables físico-químicas y biológicas sobre la ecología de las praderas de macrófitos marinos del Parque Natural Bahía de Cádiz. Aplicaciones para la gestión; CTM2005-00395/MAR). 2006-2008. Finalizado.
Además cuenta, o ha contado, con la financiación por parte de otros proyectos de ámbito europeo, regional y universitario:
Proyecto Ecolagunas: Gestión medioambiental de los medios acuáticos laguneros (SOE1/P2/F153). Programa Interreg IVB SUDOE. 2009-2011. Finalizado.
Proyecto PAMBIO: Papel de las angiospermas marinas en la biodiversidad: importancia de las interacciones entre las características del dosel de la vegetación y las condiciones hidrodinámicas. Proyecto de Excelencia de la Junta de Andalucía. 2008-2011. Finalizado.
Proyecto FUNDIV: Funciones de la diversidad de macrófitos marinos bentónicos: mecanismos de control en el ciclo de nutrientes de zonas costeras someras. 2008-2011. Finalizado.
Programa UCA-Participa del Vicerrectorado de Extensión Universitaria de la Universidad de Cádiz. Convocatorias febrero y octubre de 2007, octubre de 2008, 2009 y 2010. Finalizado.
CEIMAR. Campus de Excelencia Internacional de Ciencias del Mar. Vigente.